为什么做PCR设定引物退火温度时设定的退火温度要比合成引物得到的引物Tm值低几度?
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/05/10 10:25:18
为什么做PCR设定引物退火温度时设定的退火温度要比合成引物得到的引物Tm值低几度?
为什么做PCR设定引物退火温度时设定的退火温度要比合成引物得到的引物Tm值低几度?
为什么做PCR设定引物退火温度时设定的退火温度要比合成引物得到的引物Tm值低几度?
Tm指的是把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度.我们PCR时候,当然不能用Tm值来作为退火的温度.一般来说,退火温度比Tm值要低上5度左右.但是这个也不是绝对的.建议你如果说模板比较充足的话,做一个梯度试验.范围在Tm值周围10度左右,如果说在这个范围内可以得到一个明显的结果就可以确定.如果说仅仅看到一个趋势,那么你还需要继续扩大这个梯度的范围来确定.
不用问差几度 就是一般退火温度都是50----60度 你就进行pcr吧指定出 我们实验室的都是这个区间
Tm值
DNA熔解温度，指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度。不同序列的DNA，Tm值不同。DNA中G－C含量越高，Tm值越高，成正比关系。
核酸Tm值（解链温度）计算
A variety of factors affect the efficiency of hybridization between two strands of DNA. These i...
全部展开
Tm值
DNA熔解温度，指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度。不同序列的DNA，Tm值不同。DNA中G－C含量越高，Tm值越高，成正比关系。
核酸Tm值（解链温度）计算
A variety of factors affect the efficiency of hybridization between two strands of DNA. These include the nature of the hybridizing molecules (DNA or RNA), their lengths, the hybridization environment (salt concentrations and denaturants), probe concentrations, and their sequences.
For membrane bound targets and moderately long DNA probes, Howley et al1 determined that the melting temperature (Tm) at which 50% of a probe is annealed to its complementary strand is defined by:
Tm = 81.5 + 16.6logM + 41(%G + %C) - 500/L - 0.62F
where
M = molar concentration of monovalent cations
%XG or C = the respective fraction of G and C nucleotides in the probe
L = length of the annealed product
F = molar concentration of formamide
所以一般的退火温度，要比TM值低个3-5度
收起
一般低4、5度就好了。如果你用软件设计的引物，比如oligo6什么的，它会在tm之外给你一个operate t，就是操作温度，用这个就好了。